Pada masa pendudukan Jepang struktur pemerintahan seperti pada zaman kolonial Belanda dalam bidang dekonsentrasi tidak diubah, hanya diganti nama-namanya menjadi dalam bahasa Jepang. Jabatan Gubernur dan Asisten Residen di Jawa dihapuskan. Kotapraja-kotapraja dilepaskan dari lingkungan adminintrasi para bupati, sedang para walikota menjadi petugas-petugas pangreh praja yang tunduk kepada residen.
Setelah Proklamasi Kemerdekaan RI, pada akhir tahun 1947 Belanda menduduki kembali Indonesia. Selama pendudukan Belanda, yang menja1ani kekuasaan militer maupun pemerintahan berganti-ganti, seperti Hoofd Tijdelijke Bestuurdienst ( HTB ), Rererings Commisasaris voor Bestuurs aangelegenheden ( Recomba ) dan seterusnya.
Untuk usaha konsolidasi lebih lanjut di pemerintahan daerah ditempuh dua jalan yaitu : 1. Dibentuknya Voorlopige Federale Regering voor lndonesie ( Pemerintah Federal Sementara untuk Indonesia ). 2. Memulihkan kembali badan-badan otonomi kabupaten ( Regenschap ) dengan haminte ( gemente ) di daerah yang sudah aman, misalnya di kapupaten-kabupaten di daerah Negara Jawa Timur ” ( Koesoemahatmadja : 31-32 ).
Pembentukan negara federal tidak berhasil banyak walaupun kemudian pada tahun 1948 Belanda berhasil membentuk Negara Madura. Berdasarkan surat dari Residen Recomba Madura kepada Gubemur Jenderal Hindia Belanda tentang Komite Penentuan Kedudukan Madura di Pamekasan menjelaskan bahwa atas desakan berbagai golongan rakyat, maka pada tanggal 14 Januari 1948 di Pendopo Kabupaten Bangkalan berkumpul beberapa orang terkemuka Madura.
Dari basil perundingan itu terbentuk sebuah Komite Sementara Penentuan Kedudukan Madura yang terdiri dari 3 orang wakil dari Pamekasan, 3 orang wakil dari Sumenep, 2 orang wakil dari Sampang dan 3 orang wakil dari Bangkalan, disetujui untuk duduk sebagai penasehat Raden Adipati Ario Tjakraningrat yaitu Residen Gedelegeerde Recomba Madura.
Komite sementara ini diberi kewajiban untuk merundingkan ditiap-tiap daerahnya masing-masing dengan pemuka masyarakat guna dapat menyusun komite tetap dengan cara yang demokratis. Selanjutnya pada tanggal 16 Januari 1948 bertempat dikediaman Bupati Pamekasan terbentuk sebuah Komite enentuan Kedudukan Madura yang tersusun sebagaimana komite sementara, yang terdiri dari utusan rakyat diseluruh Karesidenan Madura. (Arsip kementrian Penerangan No. 99).
Pembentukan Negara Madura juga diilhami oleh Pembentukan Negara Jawa Timur yaitu verslag dari Rapat Komite Persiapan Kedudukan Jawa Timur yang diadakan di Gedung Nasional Indonesia ( bubutan ) Surabaya pada 25 Januari 1948 yang menyatakan bahwa rakyat Jawa Timur mengetahui tentang adanya gerakan separatisme yang berupa Partai Rakyat Jawa Timur, selain partai tersebut berdiri pula PKM ( Partai Kebangsaan Madura ). Partai ini mendapat sambutan dari kalangan Rakyat Madura dan mendirikan cabang dibeberapa kota di Jawa Timur. ( Arsip Kementrian Penerangan No. 159 )
Berdasar laporan dari Komite Penentuan Kedudukan Madura tanggal 24 Januari 1948 dinyatakan bahwa rakyat Madura menerima resolusi dari Komite Penentuan Kedudukan Madura tanggal 16 Januari , 1948. Resolusi tersebut diantaranya menyatakan bahwa : (1) Memenuhi , resolusi yang diterima oleh Rakyat Madura pada tanggal 23 Januari 1948. (2) Negara Madura meliputi Pulau Madura dan pulau sekitamya. (3) Mengakui Raden Ario Tumenggung Tjakraningrat, Residen Madura sebagai Wali Negara Madura. (4) Membentuk suatu OPR Madura untuk mempersiapkan susunan ketatanegaraan Negara Madura.
Pembentukan Negara Madura juga temyata berdampak pada kehidupan sosial, politik, ekonomi, keuangan dan lain sebagainya. dibidang sosial-ekonomi, bertalian dengan penyerahan kepada Negara Madura untuk melakukan pengawasan daratan didaerah urusan ekonomi umum ditentukan hal-hal sebagai berikut : bahwa kepada Negara Madura diserahkan secara resmi tugas, kewenangan, hukum, dan kewajiban- kewajiban dari negara dalam hubungannnya dengan pengawasan ekonomi umum, dalam hal koperasi dan perdagangan dalam negeri, perikanan laut dan pesisir, pelayaran lokal, pencarian mutiara dan lain sebagainya, yang sejauh ini pengaturannya diserahkan Departement van Landbouw en visserij dan Economische zaken di bidang pelayaran, sehubungan dengan penyerahan pengawasan pulau yang mernpunyai perhubungan kapal laut dan sungai, kepada Negara Madura ditetapkan ketentuan
(a) Sesuai dengan yang tertulis dalam Schepenordonantie 1935 pekerjaan yang muncul akibat peraturan ini, kewenangan, hukum dan kewajiban dari Negara yang berhubungan dengan keputusan tersebut dibedakan katagori-katagori kapal laut dapat masuk di Negara Madura
(b) Sesuai yang tertulis dalam Binnenscheppenordonanntie 1927 dituliskan bahwa tugas/pekerjaan pekerjaan yang muncul akibat peraturan tersebut, kewenangan, hukum’dan kewajiban dari negara yang berhubungan dengan kapal laut yang masuk ke Negara Madura dapat ditarik dengan berat kotor kurang dari 2 m3 dan tanpa pengangkutan penumpang ; kapal layar tanpa alat bantu yang berat kotomya kurang dari 424,5 m3, dan perahu yang digerakkan tanpa mekanik ( Algemeene Secretarie, No. 1265 ).
Di bidang industri, berdasar pertimbangan-pertimbangan yang ada , maka dilakukan penyerahan kepada Negara Madura untuk melakukan pengawasan didaerah kepada Negara Madura diserahkan dengan resmi tugas, wewenangan, hukum dan kewajiban-kewajiban dari negara mulai dari mengatur hingga mengawasi industri. Pengaturan hak milik lainnya di daerah kekuasaan Negara Madura diserahkan kepada Departement van Economische Zaken hingga dikeluarkannya pedoman dan petunjuk lebih lanjut. Kewajiban-kewajiban Negara diatur sebagai berikut :
(a) Mengenai peraturan-peraturan hingga pelaksanaan perjanjian intemasional di daerah industri, tidak dapat diatur oleh negara.
(b) pengawas pemerintahan di daerah industri mempunyai kewenangan menjalin hubungan dengan luar negeri atau dengan seluruh Indonesia
(c) Pengembangan ilmu pengeahuan ilmiah dibawah lembaga teknis ilmiah menjadi hal penting dikembangkan diseluruh Indonesia.
Di bidang keuangan, diserahkan kepada Negara Madura tugas, kewenangan, permasalahan hukum dan kewajiban-kewajiban negara yang berkaitan dengan administrasi keuangan, pajak dan sumber-sumber keuangan, pegadaian dan non pegadaian, pendapatan yang berasal dari seluruh negeri, kebijakan pelelangan dan perjalanan dan lain-lain sejauh hubungannya di daerah kepemilikan penguasa pemerintahan Negara Madura, selama dan sejauh pelaksanaannya sesuai dengan peraturan yang dimiliki Departement van Financien (Algemeene Secretarie No.1265 ).
Akhimya Rakyat Madura ingin kembali ke Negara Kesatuan Republik Indonesia, dengan diadakannya Konferensi Meja Bundar yang menghasilkan rencana untuk persetujuan yang isinya antara lain: rencana program penyerahan kedaulatan, rencana status Uni dan rencana persetujuan peralihan sefta Undang-Undang RIS yang masih perlu disyahkan oleh Parlemen Belanda, Republik Indonesia dan negara-negara bagian yang tergabung dalam BFO ( Bijeenkomst voor F ederale Overleg / Majelis Permusyawaratan Federal ), oleh karena itu didalam negara- negara bagian timbul suasana politik yang barn, ialah semangat negara- negara bagian untuk menggabungkan diri kepada wilayah Republik Indonesia.
Selanjutnya pembubaran Negara Madura dan Dewan Perwakilan Rakyat Madura dilakukan pada tanggal 15 Pebrnari 1950 di Pamekasan. Pemyataan-pemyataan ketidakpercayaan tersebut sudah dilaksanakan dengan beberapa macam resolusi dari berbagai partai dan badan-badan perjuangan di Madura sejak bulan November 1949 yang langsung disampaikan kepada Dewan Rakyat Madura sebagai satu- satunya wakil rakyat.
Keinginan dan hasrat tersebut dibuktikan dengan adanya demonstrasi tanggal 15 Pebrnari 1950 dengan motie van wantrouwennja kepada dewan dan pemerintah yang ingin melihat Madura kembali kepada Proklamasi Kemerdekaaan RI 17 Agustus 1945.
(Arsip Kabinet Perdana Menteri Jogjakarta No. 84)
