Pada Tahun 1942, Balantentara Jepang menduduki Tanah Air, KH Mas Mansur bersama beberapa tokoh terkemuka dan berpengaruh pada masa itu yaitu Ir. Soekarno, Drs. Mohammad Hatta, dan Ki Hajar Dewantara (empat serangkai) memimpin PUTERA (Pusat Tenaga Rakyat), organisasi bentukan jepang yang dijadikan alat perjuangan kemerdekaan dan menjadi cikal bakal lahirnya tentara Peta (Pembela Tanah Air), BPUPKI dan PPKI
Sejak tahun 1944 hingga 1945 kembali ke Surabaya dan bersama para pemuda terlibat dalam perjuangan merebut kemerdekaan
Pada Tahun 1946, ditangkap oleh NICA dan dipaksa berpidato untuk menghentikan perlawanan rakyat terhadap sekutu / Inggris di Surabaya, tetapi beliau dengan tegas menolak hingga dijebloskan kedalam tahanan hingga akhirnya meninggal dunia dalam tahanan pada tanggal 25 April 1946.
Pena-pena dakwah
KH Mas Mansur juga aktif menulis untuk tujuan dakwah dan pergerakan, buah pena beliau dimuat dalam media seperti majalah Suara Santri, juga Majalah Jinem yang terbit dua kali sebulan dengan menggunakan bahasa Jawa dengan huruf Arab. Kedua majalah tersebut merupakan sarana untuk menuangkan pikiran-pikirannya dan mengajak para pemuda melatih mengekspresikan pikirannya dalam bentuk tulisan. Melalui majalah itu Mas Mansur mengajak kaum muslimin untuk meninggalkan kemusyrikan dan kekolotan beliau juga pernah menjadi redaktur majalah Kawan Kita di Surabaya.
Goresan pena KH Mas Mansur juga bertebaran di berbagai media lokal dan nasional seperti pada majalah siaran dan majalah kentungan di Surabaya; Penganjur dan Islam Bergerak di Yogyakarta; Panji Islam dan Pedoman Masyarakat di Medan dan Adil di Solo. Beliau juga menuliskan ide dan gagasannya dalam bentuk buku, antara lain yaitu Hadits Nabawiyah; Syarat Syahnya Nikah; Risalah Tauhid dan Syirik; dan Adab al-Bahts wa al-Munadlarah.
