Untuk menuju Pulau Sapeken butuh 12 jam perjalanan laut dari Pelabuhan Kalianget, Sumenep, dengan rute transit di pelasbuhan Batugulu, Kecamatan Arjasa, Kangean. Bisa melalui darat sepanjang Pulau Kangean, sedang kapal laut biasanya langsung menuju pelabuhan Sapeken. Perjalanan akan lebih cepat jika menggunakan sarana transportasi kapal cepat (3 jam dari Pelabuhan Kalinget menuju Arjasa) atau pesawat udara dari Bandara Juanda. Tapi kini akan dibuka Bandara Trunojoyo Sumenep, dengan rute Pulau Sapeken, dan mendarat lapangan terbang Pagerungan Besar, Sapeken.
Jalur udara ini bukan jalur komersil. Hanya bagi para pekerja dan tamu perusahaan migas PT Kangean Energy Indonesia (KAI) yang dapat menikmati perjalanan udara melalui jalur itu. Hanya butuh waktu 1 jam 20 menit untuk sampai ke Pagerungan dari Surabaya dengan menaiki pesawat cassa Pelita Air. Jika mau ke Pulau Sapeken atau pulau-pulau di sekitarnya, bisa naik perahu motor. Paling tidak menghabiskan 1 jam perjalanan antarpulau.
Sapeken disebut-sebut kepulauan mirip Pulau Seribu karena banyaknya gugusan pulau. Pulau Sapeken merupakan ibukota kecamatan. Pulau itu dianggap sebagai “Singapura-nya Madura”. Sebab, pulau-pulau yang wilayahnya lebih luas dibandingkan Pulau Sapeken, malah menjadi desa-desa di bawah kekuasaan Camat Sapeken.
